במשך מיליוני שנים היה האזור שבו שוכן הפארק תחת השפעה של פעילות געשית, אבל ההיסטוריה הגאולוגית של הפארק קשורה להר מזאמה, הר געש עתיק ברכס קסקייד, שהתפרצותו לפני כ-7,700 שנים גרמה ליצירת האגם.
בזמן ההתפרצות כבר ישבו באזור ילידים אמריקנים שמצאו את מחייתם כציידים-לקטים. הסיפורים אודות חורבן ההר עברו מדור לדור באמצעות אגדות על מאבק בין אלים שהסתיים בתבוסת אחד האלים וקבורתו מתחת להר. הלבנים הראשונים גילו את ההר רק באמצע המאה ה-19. תודות לשתדלנותו של העיתונאי וחובב הטבע ויליאם גלדסטון סטיל הוכרז האזור ב-22 במאי1902 כפארק לאומי, הפארק החמישי שהוכרז בארצות הברית. מאז הקמת הפארק אחראי שירות הפארקים הלאומיים של ארצות הברית על הגנת העושר הגאולוגי, הטבעי והתרבותי של האתר, המושך מדי שנה קרוב לחצי מיליון מבקרים.